沈阳医学院医学基础部始建于1958年。作为校本部重要的教学部门，其设置的机构有：体育教研室、外语教研室、物理教研室、化学教研室、解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生物学教研室、生理学教研室、生物化学教研室、微生物学教研室、寄生虫学教研室、病理学教研室、药理学教研室和病理生理学教研室等14个教研室及１个医学基础部办公室。在近40年的历程中，医学基础部以上述机构为依托，不断发展与壮大。

随着我国高等教育事业的发展，以及沈阳医学院本科教学工作和科学研究工作的需要，近十年来，医学基础部也经历了与时俱进的变化。

● 1996年，医学基础部成立分子生物学研究室。

● 1998年，医学基础部成立中心实验室。

● 1999年，根据工作需要，体育教研室由医学基础部划出，单独建制。

● 2000年，寄生虫学教研室并入微生物学教研室。

● 2001年，医学基础部成立沈阳医学院医学生物技术工程中心，其由生物化学研究室、分子生物学研究室、药物开发研究室、医药保健品研究室、微生态学研究室、病理学研究室、药理学研究室和毒理学研究室组成。

● 2001年，医学基础部将原分别隶属于生理学教研室、药理学教研室和病理生理学教研室的实验室剥离，成立二级管理的机能中心实验室。

● 2001年，医学基础部将原分别隶属于组织学与胚胎学教研室和病理学教研室的实验室剥离，成立二级管理的形态中心实验室。

● 2001年，物理学教研室由医学基础部划出，并入教育技术中心。

● 2001年，外语教研室由医学基础部划出，组建成立外语部。

● 2002年，医学基础部取消分子生物学研究室的独立设置，将其并入生物化学教研室。

● 2002年，原微生物学教研室改称为病原生物学教研室。

● 2002年，生物化学教研室与生物学教研室合并，成立生物化学与分子生物学教研室。

● 2004年，医学基础部将病理生理学教研室并入病理学教研室，成立病理与病理生理学教研室。

● 2005年，病理生理学科由病理学教研室划出，并入生理学教研室，成立生理与病理生理学教研室。

● 2005年，预防医学系卫生化学教研室并入化学教研室。

● 2006年，免疫学科由病原生物学教研室分出，成立免疫学教研室。

● 2006年，原医学基础部调整成为基础医学院。同时，成立学生科和教务科（与基础医学院办公室合署办公）。

● 2006年，沈阳医学院医学检验系划归基础医学院管理。

● 2006年，原卫生化学教研室划入公共卫生学院。

● 2007年，基础医学院下设有：医学检验系、医学生物技术工程中心、化学教研室、解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生物化学与分子生物学教研室、生理与病理生理学教研室、病原生物学教研室、免疫学教研室、病理学教研室、药理学教研室、中心实验室、机能中心实验室、形态中心实验室、办公室（教务科）和学生科。